南嶺國家公園（擬建）自然生態系統以森林生態系統為主，森林面積約165192.44hm2。

其中，常綠闊葉林 113124.69hm2，包括亞熱帶季風常綠闊葉林、亞熱帶山地常綠闊葉林、亞熱帶常綠闊葉山頂矮林、熱帶常綠闊葉崖壁矮林和亞熱帶石灰岩常綠闊葉林等 5 類植被亞型 40 個群系，是國家公園內最具代表性的森林生態系統﹔

暖性針葉林 14701.32hm2，包括馬尾鬆群系、杉木群系和南方鐵杉群系﹔

落葉闊葉林及常綠、落葉闊葉混交林18784.53hm2，主要以水青岡 Fagus longipetiolata、銀鐘花 Halesia macgregorii、亮葉樺Betula luminifera 等優勢樹種﹔

針闊混交林 18581.9hm2，主要為馬尾鬆、華南五針鬆（廣東鬆）Pinus kwangtungensis、杉木、福建柏 Fokienia hodginsii、長苞鐵杉 Tsuga longibracteata 等與闊葉樹種木荷、疏齒木荷 Schima remotiserrata、錐屬等植物的混交林。

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